Năm 2013, Trần Duy Quang lúc đó đang làm huấn luyện viên Quỹ Đầu tư và phát triển tài năng bóng đá Việt Nam thì chuyển về làm huấn luyện viên kiêm cầu thủ cho Bến Tre. Mùa giải hạng ba 2013 Bến Tre đứng ra đăng cai bảng C và do Sân vận động Bến Tre (sức chứa khoảng 20 ngàn chỗ ngồi) chưa hoàn thành nên đơn vị này mượn Tiền Giang làm sân nhà. Kết thúc giải Bến Tre đã giải Nhất và chính thức thăng hạng lên Giải bóng đá hạng nhì quốc gia Việt Nam.[1]

Trước khi mùa giải Hạng nhì quốc gia 2019 diễn ra, ban lãnh đạo Bến Tre đã có công văn xin rút không tham gia giải đấu do bất ổn nội bộ thiếu nguồn tài trợ[2]. Tuy nhiên câu lạc bộ sẽ tham gia Giải Hạng ba quốc gia 2019 diễn ra vào cuối năm.